Skogvern og miljøtiltak i skogbruket er de viktigste virkemidlene for å sikre tilstrekkelig bevaring av naturverdiene, og i dag er skognæringen pålagt å ta miljøhensyn i skogen. Norsk PEFC Skogstandard inneholder 27 kravpunkter knyttet til hvordan skogeier skal forvalte og drive skogen, og ligger til grunn for at tømmeret kan miljøsertifiseres lovlig. Ett av disse kravpunktene er at skogen skal registreres for naturverdier. 

I dag kartlegger skognæringen naturverdiene etter et system de har utviklet selv, kalt MiS - Miljøregistrering i skog. MiS har som formål å fange opp skogens truede mangfold på best mulig måte, gjennom bevaring av nøkkelbiotoper; altså områder som er særlig viktig for bevaring av arter.

Dessverre er det godt dokumentert at registreringssystemet som skogbruket følger ikke oppfyller sitt formål. Tvert imot fortsetter bestandene av truede arter å minke, og skognæringens egne registranter kritiseres av miljøorganisasjonene for å ikke finne mer enn 14% av naturverdiene selvstendige biologer finner i de samme områdene. 

Når skognæringen kartlegger nøkkelbiotoper fokuseres det på potensielle livsmiljøer; altså områder hvor det kan tenkes at artene vil dukke opp, og ikke områder hvor artene faktisk lever. Ofte ender dette i at skog hvor det eksisterer truede arter blir hogd uten at det fanges opp, og selv gammelskog blir fritt frem. 

De øvrige hensynene som skal følges i tråd med PEFC-standarden er minimale fra et skogøkologisk perspektiv, og ofte ignoreres også disse. Det er ikke sjeldent at krav om kantsoner langs vann, vassdrag og myr ikke fulgt, og dype hjulspor og kjøreskader preger terrenget i lang tid. Dette tjener verken det biologiske mangfoldet eller friluftsverdier. 

På samme måte som skognæringen selv har fått ansvaret for å registrere naturverdiene i skogen, har de også fått ansvaret for å informere skogeiere om frivillig vern-ordningen. Hvis en skogeier har store nok naturverdier på eiendommen kan skogen meldes til vern mot økonomisk kompensasjon. 

Når et område meldes inn til vern er det først statsforvalteren som undersøker om skogen har potensiale til å vernes. Deretter sendes det inn en biolog som undersøker naturverdiene i form av habitat og arter, og basert på funnene vurderes skogen til verneverdig/ikke verneverdig. De siste årene har over 40% av skogene som er meldt inn til frivillig vern blitt vurdert av biologer til “ikke verneverdige”. Samtidig har skogene disse biologene faktisk finner naturverdier i, ikke en gang blitt vurdert for vern. 

Det er i den produktive skogen det er flest arter, men det er også her det er størst økonomisk utbytte. Og slik skogen forvaltes i dag er det de samme som har økonomiske interesser i den som har fått ansvaret for å ivareta naturverdiene. Sammen med mangelen på kunnskap om hvor artene befinner seg utgjør denne interessekonflikten hovedproblemet i norsk skogforvaltning.